Au début de l'occupation de Pilsen, la synagogue a été utilisée comme entrepôt pour les biens juifs confisqués. Plus tard, elle a été utilisée comme une usine pour produire des uniformes pour les soldats allemands.

Après la Seconde Guerre mondiale, elle a été rendue à la communauté juive de Pilsen et utilisée comme lieu de culte jusqu'en 1973. En 1973, elle a été classée monument historique et a été partiellement reconstruite. Lors de la restauration, une balle a été découverte logée dans l'une des tablettes des dix commandements à côté de "Tu ne tueras pas" - un vestige de la bataille pour libérer la ville en 1945.

A l'arrière de la synagogue, dans le parc portant le nom de l'acteur Miroslav Horníček, né à Pilsen, on peut trouver un mini-mémorial fabriqué à partir des parties des pylônes originaux du mémorial "Merci, l'Amérique !" dans le centre de Pilsen.