Dans les premières décennies du XXe siècle, ce site était utilisé pour le déchargement et le chargement du courrier et avait un accès direct à la Via Ferrante Aporti (aujourd'hui Piazza Edmond J. Safra, 1), sur le côté droit de la gare. C'est là que se trouve une grande ouverture permettant l'entrée des camions, avec un compartiment très profond à l'intérieur.

Entre 1943 et 1945, pendant l'occupation nazie et la République sociale italienne, de nombreux convois de Juifs sont partis d'ici, à destination des camps de concentration et d'extermination nazis, principalement Auschwitz-Birkenau. Le camp était également le point de départ de certains convois de prisonniers politiques destinés à Mauthausen ou, avec des déportés juifs, au camp de transit de Fossoli.

Le "chargement" des déportés s'effectuait dans une grande zone sombre, à l'abri des regards indiscrets. Le transfert de la prison milanaise de San Vittore à la gare centrale s'effectue à l'aube. Les prisonniers, entassés dans des camions fermés par de grandes bâches, arrivent au niveau souterrain de la Via Ferrante Aporti, et sont chargés avec force, au milieu des sifflets, des cris et des aboiements de chiens, sur des wagons à bestiaux qui s'arrêtent sur les voies dans la partie la plus profonde. Le wagon est ensuite placé sur un bogie traversant, qui se déplace sur les voies d'un long tunnel souterrain, est placé sur un élévateur à voitures et soulevé jusqu'à une voie de triage à ciel ouvert, d'où il repart après avoir été attelé au reste du convoi.

Environ quatre-vingts déportés par wagon, entassés dans un espace très réduit, ont été contraints de voyager pendant des jours dans des conditions inhumaines. Ce site, où se trouve aujourd'hui le Mémorial, a une grande valeur historique et de témoignage, en raison de l'intégrité physique de ces espaces, qui ont été restaurés autant que possible dans leur aspect d'origine grâce à des fouilles archéologiques, en préservant les signes du temps sur les structures en béton armé et en fer.

Le parcours à l'intérieur du Mémorial se déroule dans de vastes salles enveloppées d'une pénombre spectrale. Il s'agit d'une expérience qui fournit des informations significatives et suscite de fortes émotions, en rappelant les événements passés que l'environnement dépeint sous une lumière crue et réaliste. Au milieu d'un silence de pierre, on entend un bruit de tonnerre et un grondement sourd provenant du plafond, qui secoue tout le sous-sol, déclenché par le passage des trains sur les voies ferrées situées au-dessus.

Le Mémorial comprend deux parties essentielles. Le lieu de mémoire, qui comprend la zone des voies ferrées, où l'on peut voir les tranchées en profondeur et où se trouve le mur des noms. Sur ce mur sont gravés les 774 noms des Juifs déportés dans les deux premiers convois (6 décembre 1943 et 30 janvier 1944). Ces convois allaient directement de la gare centrale à Auschwitz-Birkenau et seuls vingt-sept des déportés ont survécu. Les panneaux de l'exposition permanente, intitulée "Voyage de la mémoire", sont situés le long des piliers de la travée. L'atelier du souvenir, c'est-à-dire la section d'apprentissage et d'étude, se trouve ensuite dans la partie donnant sur la rue. Au sous-sol se trouve également un auditorium destiné aux conférences et aux débats.

Un mur à l'entrée du Mémorial porte une grande inscription "indifférence" qui, selon Liliana Segre qui a été déportée ici à l'âge de 13 ans et qui a heureusement survécu, a été l'une des principales raisons qui ont rendu possible la tragédie de la Shoah.