Lorsque le bombardement a eu lieu le 10 janvier 1941, le Verger J. Heaten a réagi rapidement. Avec l'aide de marins et d'aviateurs stationnés à proximité, ils parviennent à sauver le chœur situé à l'extrémité ouest de l'édifice. En revanche, la nef et la partie principale de l'édifice ont perdu leur toit à cause des bombardements. Ils sont restés sans toit jusqu'à aujourd'hui, ce qui constitue un souvenir symbolique des raids aériens dont Portsmouth a été victime pendant la guerre.

Les offices ont tout de même eu lieu à Pâques, après que les débris eurent été déblayés et que le chœur eut été cloisonné.

L'église abrite aujourd'hui de magnifiques vitraux. Le vitrail principal retrace l'histoire de l'église, depuis sa fondation jusqu'à la Seconde Guerre mondiale. Un vitrail supplémentaire sur l'armée commémore l'engagement militaire de Portsmouth. Le vitrail central du vitrail de l'armée célèbre le jour J, montrant un soldat et la scène de la flotte d'invasion à Port-Solent avant qu'elle ne parte pour la France. Le vitrail de la 8e armée montre la guerre dans le désert, représentant les divisions qui ont combattu en Afrique du Nord pendant la Seconde Guerre mondiale et se souvenant de ceux qui ont perdu la vie.

L'église de la garnison royale est parfois appelée "cathédrale militaire britannique" et reste l'un des points de repère les plus reconnaissables de Portsmouth. Elle célèbre sa riche histoire à travers ses vitraux et son toit non réparé. L'église rappelle les destructions causées par la guerre et symbolise l'immense défi que représente la reconstruction d'un pays après les ravages de la guerre.

L'église peut être visitée par le public et est sous la garde d'English Heritage.