Pendant la guerre, l’hôpital Sainte-Élisabeth était encore opérationnel. C’est la raison pour laquelle une unité médicale de la 1^ère division aéroportée britannique, la 16th Parachute Field Ambulance, s’est rendue dans ce bâtiment le 17 septembre 1944 pour y soigner les blessés de la 1st Parachute Brigade. Arrivée en début de soirée, elle y a trouvé, en plus du personnel soignant néerlandais, une unité médicale allemande, toutes deux occupées à soigner les blessés des deux camps. Les Britanniques ont pris le contrôle de l’hôpital, mais ont permis aux Allemands de continuer à y travailler. À partir de ce moment, les membres du personnel médical néerlandais, britannique et allemand ont travaillé main dans la main pour s’occuper des blessés des deux camps.

Bien que le poste d’évacuation des blessés soit censé se trouver derrière la ligne de front, l’hôpital Sainte-Élisabeth s’est, quant à lui, retrouvé en ligne de front le 18 septembre. Alors que la guerre faisait rage à l’extérieur, le personnel continuait de travailler, presque imperturbable, à l’intérieur pour sauver des vies. La guerre avait parfois lieu littéralement sur le pas de la porte de l’hôpital : le 17 septembre, tard dans la soirée, un groupe de soldats allemands est abattu dans l’allée de l’hôpital par des soldats britanniques de la compagnie C du 1^er bataillon parachutiste.

À quatre reprises, l’hôpital est passé d’un camp à l’autre. Le 19 septembre, lorsque les Allemands ont finalement pris le contrôle de l’hôpital, ils ont ordonné que le personnel médical britannique soit emprisonné. Le commandant Longlang, médecin britannique en charge, a persuadé les Allemands de laisser deux équipes chirurgicales sur place pour les aider à soigner l’afflux continu de blessés. De nombreuses vies ont ainsi été sauvées, dont celle du brigadier Hackett, blessé à Oosterbeek.

La résistance néerlandaise, dont faisait partie le résistant Piet van Arnhem, était également active dans l’hôpital. Grâce à leur aide, plusieurs soldats britanniques ont pu sortir clandestinement de l’hôpital, se cacher et retourner vers leurs propres lignes. C’est ainsi que le brigadier Lathbury et le brigadier Hackett, entre autres, ont échappé aux Allemands. À la mi-octobre, les Allemands ont finalement décidé d’emprisonner tous les Britanniques à Apeldoorn, mettant ainsi un terme à l’histoire tumultueuse de l’hôpital.