Jan Karski a rejoint la résistance polonaise en 1939. Il est devenu messager, voyageant de la Pologne occupée vers la France. Au cours d’un voyage, il a été arrêté en Slovaquie. Craignant la torture, Jan tenta de se suicider afin de ne trahir aucunes informations importantes, mais il fut sauvé. Il s’échappa de l’hôpital avec l’aide de la résistance polonaise, puis retourna en service.

Déguisé en garde, Jan Karski réussi à entrer dans le camp de transit d'Izbica et visita le ghetto de Varsovie. Il fut témoin oculaire des crimes nazis. Avec pour mission de fournir les microfilms de son rapport au gouvernement polonais en exil, Jan Karski se rendit à Londres en 1942. En décembre, le gouvernement polonais publia une note diplomatique officielle, à la fois première dénonciation par un gouvernement allié, appelant à la défense des Juifs et informant sur l'Holocauste.

Au cours des années suivantes de la guerre, Jan a rencontré plusieurs dirigeants mondiaux pour les alerter du sort des Juifs et des Polonais sous l’occupation allemande. Il a même été accueilli par Franklin D. Roosevelt à la Maison-Blanche. Malheureusement, il a dû faire face à l'indifférence à plusieurs reprises. Désireux d’informer le monde sur l'Holocauste et la lutte de l'État polonais clandestin, il publia le livre « Secret State » en 1944, qui est devenu un best-seller aux États-Unis.

La mémoire de Jan Karski et de ses réalisations a resurgit dans les années 1980. Il s'est vu décerné le titre de « Juste parmi les nations » en 1982.