Le déclenchement de la Première Guerre mondiale a interrompu ses études. À la fin de la guerre, il a décidé de partir et de lier son avenir au clergé. Il a commencé ses études au centre salésien pour les vocations tardives de la République tchèque à Perosa Argentine, en Italie. Il a été ordonné prêtre le 1er juillet 1932 et a obtenu son doctorat à l'université grégorienne de Rome.

Il retourne en République tchèque, où il commence à diffuser les idées salésiennes, à construire des centres éducatifs et des églises, et à soutenir, par exemple, un studentat (monastère) philosophique avec un internat pour les Tchèques et les Slovaques. Dans les années 1930, le travail du prêtre Trochta est dynamique, grâce au soutien des communautés locales et à l'aide des autorités tchécoslovaques. Cependant, à la fin de la décennie, la Tchécoslovaquie, et bientôt toute l'Europe, connaissent des temps difficiles. La patrie de Trochta est annexée à l'Allemagne et la Slovaquie devient un État fantoche.

Dans l'Allemagne nazie, les Juifs, les Roms et les homosexuels n'étaient pas les seuls à être persécutés. Le clergé, y compris les catholiques, a également été victime de la terreur dans le pays. Himmler, Goebbels et Hans Frank ont évoqué la lutte contre le clergé. Le futur vice-protecteur de Bohême et de Moravie, Reinhard Heydrich, l'un des organisateurs de la conférence de Wannsee, et donc l'auteur de l'Holocauste, avait de la haine pour les différentes confessions religieuses et a même donné l'ordre à la Gestapo de s'occuper de toute manifestation d'opposition religieuse. Pendant l'ère nazie, des prêtres, des religieuses et des moines ont été arrêtés, des écoles catholiques ont été fermées, des biens ecclésiastiques ont été accaparés et des organisations de jeunesse chrétiennes ont été dissoutes, y compris la Salésienne. Les prêtres catholiques ont été systématiquement réprimés. À Dachau, il y avait une caserne spéciale et séparée (n° 26) pour le clergé catholique et protestant. Plus de 400 personnes y étaient détenues.

Des répressions similaires s'abattent sur les centres culturels et religieux tchèques. Près de 500 prêtres et moines sont enfermés dans des camps de concentration. Le 27 mai 1942, le mouvement de résistance tchèque assassine Heydrich. Un jour plus tard, la vengeance commence dans le pays occupé avec une force de terreur redoublée. Le lendemain de l'attentat, Štěpán Trochta est arrêté puis envoyé au camp de concentration de Theresienstadt. Sa "culpabilité" est d'avoir eu des contacts avec la nonciature et des contacts secrets avec l'Italie.

Peu de temps après, le prêtre est envoyé dans d'autres camps de concentration, à Mauthausen et à Dachau. Une fois, il échappe miraculeusement à la mort - il est appelé, avec 7 autres prisonniers, à travailler à la vidange des latrines pendant l'appel. Alors qu'il poussait un chariot rempli de déchets, Štěpán Trochta a glissé dans ses chaussures de bois. Un SS impatient lui tire dessus à deux reprises. Le prêtre tombe à terre et fait semblant d'être mort, espérant que l'Allemand ne viendra pas le tuer. Le blessé est jeté sur une charrette qui transporte les cadavres vers le crématorium. Allongé au milieu des cadavres de ses codétenus, Štěpán Trochta perd connaissance. Heureusement pour lui, les prisonniers ne l'ont pas emmené sur place car l'alarme a retenti, mettant fin à son travail et appelant tout le monde à l'appel du soir. Štěpán Trochta se réveilla, arracha un vêtement à un prisonnier mort, se fit un bandage et se rendit à l'hôpital du camp.

Trochta a vécu sa liberté au camp de Dachau, où ses codétenus se souviennent de lui comme d'une personne qui a toujours aidé les autres, non seulement matériellement, mais aussi spirituellement, notamment en partageant la nourriture reçue dans les colis et en administrant les sacrements.

Après la guerre, il est retourné en Tchécoslovaquie. Il est nommé évêque par le pape Pie XII, mais il est rapidement réprimé par les autorités communistes, qui l'internent et le condamnent à 25 ans de prison. L'amnistié a travaillé comme maçon. En 1962, il prend sa retraite et vit dans une maison de retraite sous la surveillance de la milice. Il est décédé en 1974.